Более 200 лет в Санкт-Петербурге действовала Академия наук, которая была основана указом Петра I «Об Академии наук и сумме на содержании оной» в 1724 г. В 1934 г. учреждение переехало в Москву. В 1983 г. был образован Ленинградский Научный Центр Академии Наук СССР (ныне СПбНЦ РАН). На его основе в 1987 г. появился научно-исследовательский центр экологической безопасности. До 1991 г. центр существовал в качестве отдела экологической безопасности Института информатики. Только после распада СССР учреждение получило права института РАН. Институт был создан для прикладных и фундаментальных исследований в области общей экологической безопасности. Сегодня 129 сотрудников учреждения занимаются процессами, эффектами и явлениями в техносфере, биосфере и социосфере, которые обеспечивают экологически безопасное развитие природно-хозяйственных систем. Центр оснащен современным исследовательским оборудованием: хроматографами, масс-спектрометрами, гибридными анализаторами и другим. За период 1991-2014 гг. учреждение выполнило ряд значимых исследований: например, были введены в эксплуатацию пять станций мониторинга качества воды в реальном времени. Учреждение активно сотрудничает со странами Европы, Азии и ближнего зарубежья.
С 1991 г. по настоящее время директором НИЦЭБ РАН является д.э.н., профессор, заслуженный деятель науки РФ В.К. Донченко, который руководит масштабными проектами центра. Под его начальством были проведены исследования по созданию обсерваторий экологической безопасности, за которые он был удостоен Почетной грамоты РФ. В НИЦЭБ РАН один отдел и одна обсерватория. Отдел натурных эколого-химических исследований включает в себя три лаборатории, которые занимаются идентификацией экотоксикантов и процессами миграции органических загрязнителей на территории Северо-Западного региона и Балтийского моря.
