Лаборатории геологии докембрия Академии наук была создана постановлением Президиума АН СССР 12 июля 1950 года как единственное в то время в мире научное учреждение, которое исследует самые ранние геологические образования земной коры - докембрий. Первым директором был академик А. А. Полканов (1888—1963), выдающийся геолог и минералог, известный во всем мире, создатель научной школы геологов-петрологов. В своих исследованиях он впервые дал описание разнообразных горных пород Кольского полуострова, выяснил условия возникновения и изменений докембрийских пород, исследовал вопросы образования различных месторождений полезных ископаемых. А. А. Полканов много лет читал лекции в ЛГУ и Горном институте, и лаборатория геологии докембрия пополнялась молодыми выпускниками, которые проходили стажировку в ней еще студентами. А.А. Полканов привлек на работу в лабораторию других выдающихся ученых, таких как чл.-корр. АН Н.А. Елисеев (под руководством которого проводились работы по геологической съемке Хибинского щелочного массива), В.А. Николаев (исследователь рудоносных районов Средней Азии, автор работ о закономерностях развития подвижных поясов земной коры, а также трудов в области теоретической петрографии), чл.-корр. С. В. Обручев (исследователь бассейнов рек Индигирки и Колымы, хребтов Восточных Саян, Хамар-Дабан и Северо-Восточной Тувы, а также Чукотки), Э. К. Герлинг (открывший и разработавший гелиевый метод определения возраста горных пород, что позволило изменить представления о геологических эпохах Земли), Н.Г. Судовиков (автора работ по геологии Кольского полуострова, Карелии и Алдана) и др. Были организованы Карельская, Кольская, Мамская, Саянская и Алданская экспедиции. В 1967 году Лаборатория геологии докембрия была преобразована в Институт геологии и геохронологии докембрия (ИГГД).
Лаборатория и Институт с самого своего рождения размещались в здании северного пакгауза Биржи на наб. Макарова, д. 2.
